Analyse-Des-Donnees | Dr. Goulu

Comment les données biologiques sont-elles analysées à grande échelle ?

Sat, 23 May 2026 00:00:00 +0000

Réponse publiée

Je connais un prof de bioinformatique qui a passé sa thèse de doctorat à analyser un tout petit bout d’ADN humain dans le cadre du . Il avait fallu presque 15 ans de travail à des milliers de chercheurs comme lui pour obtenir le génome d’un seul humain.

Quand il me racontait ça il y a quelques années, il me disait pouvoir obtenir un génome humain complet en une semaine, sur une seule table de son labo.

Aujourd’hui j’ai demandé à Gemini IA

. Un record du monde homologué par le Guinness World Records en moins de 4 heures (précisément 3 heures et 57 minutes).

Cette prouesse a été réalisée par les équipes de Broad Clinical Labs, de Roche et du Boston Children’s Hospital grâce à la technologie Sequencing by Expansion(SBX). [ , , , ]

Donc voilà, si vous avez 1000 échantillons d’ADN et une équipe de 10 chercheurs, voire juste des étudiants qui savent utiliser les machines , vous pouvez analyser tous les échantillons, les comparer, et écrire un article scientifique là dessus en une année.

Et de telles équipes, il y en a des milliers sur Terre actuellement.

Le prof que je connais est un grand partisan, voire même un initiateur de en sciences de la vie. Ca signifie que beaucoup, voire la quasi-totalité des génomes décodés sont disponibles librement.

Ca signifie que désormais des millions de génomes de milliers d’espèces dont des humains (anonymisés) sont disponibles gratuitement pour la recherche

Petite question à Gemini IA :

La plus grande base de données de génomes humains complets en accès libre (Open Data / Open Access) est celle du projet américain All of Us (opéré par les NIH), qui propose plus de 414 000 génomes complets.

Voilà . Si vous voulez vous lancer en bioinformatique, il ne vous faut même plus de séquenceur ADN. Un gros ordinateur, mais surtout une très bonne connexion internet pour downloader des Petaoctets suffit

Comment calcule-t-on l'évolution de l'intensité de la croissance démographique ?

Sun, 23 Feb 2025 00:00:00 +0000

Réponse publiée

On note $N_t$ le nombre d’individus dans une population donnée à un temps t.

La variation du nombre d’individus lors d’une période Δt (une heure, un an…) peut être décomposée sous la forme :

$N_{t+Δt}−N_t=ΔN=n−m+i−e$

Avec :

n, le nombre de naissances lors de Δt ;

m, le nombre de morts lors de Δt ;

i, le nombre d’individus qui immigrent dans la population lors de Δt ;

e, le nombre d’individus qui émigrent de la population lors de Δt.

On parle de bilan démographique : n-m constitue le et i-e le de la population.

( )

Après vous faites un graphique de ΔN ou de ΔN/N en fonction de t et vous observez l’évolution.

Quels algorithmes peut-on utiliser pour trouver des groupes dans un ensemble de données placées sur un plan cartésien ?

Fri, 02 Dec 2022 00:00:00 +0000

Réponse publiée

Ça s’appelle et l’algo le plus connu est les . Mais il faut prédéfinir le nombre de groupes (k) ou faire plusieurs calculs à tâtons pour trouver “le bon k”.

J’ai utilisé dans un cas où il fallait déterminer k automatiquement.

En passant, ces algos sont indépendants du nombre de dimensions de vos données. Ça marche pour N dimensions cartésiennes, ou même pas cartésiennes. Tout ce qu’il faut, c’est une fonction donnant une distance entre 2 données.

Dans le cas mentionné plus haut, la distance était calculée entre des d’images,

Quel est le graphique le plus intéressant que vous puissiez nous montrer ?

Wed, 23 Jun 2021 00:00:00 +0000

Réponse publiée

la établie en 1869 par :

C’est le premier “ ”, qui devraient donc s’appeler “diagrammes de Minard”, mais il associe en plus des informations temporelles, géographiques et même thermométriques dans un graphique d’une lisibilité parfaite, qui vaut bien plus que mille mots.

Chaque fois que je le vois, j’ai la chair de poule en pensant à ce carnage.